İnebolu’nun ilk kuruluşu; tarihi kesinlikle bilinmemekle beraber Miletliler tarafından bir kıyı kolonisi olarak eski adı ile Poyraaltı şimdiki adıyla Boyranaltı Mahallesi’nde ilk defa kurulduğu, kale kalıntılarından anlaşılmaktadır. Bu kalenin eski adı ile Abraş ve şimdiki adıyla Abaş Tepe’den başlayıp Kızılkara’ya kadar uzandığı görülmektedir. Avara Mahallesinin altında şehir harabelerinin mevcudiyeti çıkan sütun ve nakışlı, kabartmalı ham mermer parçalarından anlaşılmaktadır. Boyran Mahallesindeki kale kalıntısının halk arasında Cenezitliler den kalma olduğu söylenmektedir. İnebolu’nun ilk adı İonopolistir.

Sonraları İonopoli, Türk hâkimiyetine geçtikten sonra, İnebolu denilmiştir. İsminden de anlaşılacağı üzere, İon şehirlerinden Milletler tarafından kurulduğu fikri kuvvet kazanmaktadır. İonopolis’in Amasra kolonisi ile de yakın ilişkisi olduğu rivayet edilir. İonopolis’in o tarihlerde içle bir bağlantısı yoktur. İçle bağlantılar, 18 km. batıda bulunan Zarbana (Özlüce) yolu ile yapılmaktaydı. O tarihlerde 
Zarbana’dan Mekke’ye kadar uzanan bir kervan yolu olduğu söylenir. İonopolis Kolonisi diğer ion şehirleri gibi Lidya Krallığının yıkılmasından sonra Pers Krallığının daha sonra Roma-Bizans İmparatorluğu’nun egemenliğinde kalmıştır. 

1071 Malazgirt Zaferi’nden sonra Anadolu’ya akın eden Türk Selçuklu Beyleri’nin istilası sonucu buralara Türkler gelip yerleşmişlerdir. (1084-85 yıllarında Emir Karatekin tarafından Türk toprağına katılmıştır.) Anadolu Selçuklu Devleti’nin yıkılmasından sonra Candaroğulları Beyliğinin sınırları içinde kalan ilçe; bu dönemde, İnebolu adını almıştır. 1383’de 1.Murat zamanında Osmanlı Devleti’ne tabi olan Candoroğlu Beyliği 1402 Ankara Savaşından sonra İsfendiyaroğulları Beyliği adını almış, Beylik yeniden buralara egemen olmuşsa da, 1413’de Küre’ye bağlı bir nahiye iken 1867 (1873)’den sonra kaza olmuştur. Biri 1880 diğerleri 1885’de iki büyük yangın geçirmiş ve çarşısı tamamen yanmıştır. Devrin Padişahı Abdulhamit zamanında Kastamonu valisi olan Abdurrahman Paşa tarafından plan yaptırılmıştır. Bu plana göre caddeler gayet düzenli ve binalar kağgir olarak yapılmıştır. 

İnebolu-Kastamonu Karayolu H.1327 (1907) yılında, Vali Abdurrahman Paşa tarafından açılmıştır. 

1923’de Cumhuriyet’in ilanından sonra Yunan Hükümeti ile yapılan mübadele anlaşmasından sonra ilçe çevresindeki Rumlar Yunanistan’a göç etmişler, böylece İnebolu’da hiç Rum kalmamış, İlçedeki köylerin Rumca isimleri de Türkçeleştirilmiştir.